Dice la leyenda que un monje de la India, conocido como Bodhidharma (Ta Mo), llegó al Templo Shaolín y permaneció sentado en meditación silenciosa en una cueva durante nueve años, mirando únicamente una pared en busca de iluminación. En el transcurso de estos largos años de meditación, descubrió que la falta de movimientos más el frío y el viento intensos de su retiro montañoso produjeron cansancio, dolores y achaques en el cuerpo. Sus discípulos corrían la misma suerte y, frecuentemente, se dormían mientras meditaban. Para combatir estos riesgos, además de enseñar a los monjes a mantenerse en forma y fuertes para defenderse contra los bandidos y las bestias salvajes de la zona, Ta Mo creó una serie de ejercicios basados en la Yoga tradicional, formas de la danza india, artes marciales existentes en la época y su propia observación de los movimientos naturales de los animales salvajes. Estos ejercicios se conocen como las 18 Manos Lohan. Durante la Dinastía Yuan (1264-1368), el total de ejercicios creció a 72 movimientos. Posteriormente, se expandió a 173 movimientos, formando así la base para el Kung Fu Shaolin. Se ha demostrado que este sistema ejerce una influencia evolutiva importante en todas las ramas de las artes marciales orientales.

Inicialmente, el Lohan Qigong se practicó y se mantuvo dentro de los límites del Templo Shaolin hasta que este fue saqueado y destruido por un incendio hace casi 200 años. El Monje Choy Fook, uno de los sobrevivientes, huyó hacia el Sur a la provincia Kwangtung. Allí, fue buscado por Chan Heung, a quien Choy Fook aceptó como discípulo. De Choy Fook, Chan Heung aprendió el sistema completo de Lohan Qigong y Kung Fu Shaolin, además de la Medicina Tradicional China. Después de pasar casi 10 años perfeccionando su habilidad, Chan Heung fue enviado a bajar de la montaña para formar su propia escuela. Llamó a su estilo Choy Lee Fut en honor a sus maestros: Choy para Choy Fook, Lee, por su segundo maestro, Lee Yau San, y Fut, que significa Buda en chino, porque Choy Fook y Lee Yau San, tanto como su primer maestro, su tío, Chan Yuen Wu, tenían raíces en el Templo Budista Shaolin.

Lohan Qigong ha permanecido dentro del linaje de la familia de Chan Heung y se considera como un ejercicio interno que complementa a las destrezas externas y más duras del combate.